Die Theologische Arbeitsgemeinschaft unter Vorsitz von Prof. Dr. Wolfgang Kraus berät und begleitet kirchliche Gremien in Fragen des christlich-jüdischen Verhältnisses. In der Theologischen Arbeitsgemeinschaft engagieren sich Mitglieder von BCJ.Bayern. Die Arbeitsgemeinschaft tritt in besonderer Weise dafür ein, das Verhältnis von Jüdinnen/Juden und Christ*innen als durchgängiges Thema im Theologiestudium zu bedenken. Die Theologische AG trifft sich einmal im Jahr zu einem Studientag, der von BCJ.Bayern veranstaltet wird.